Het einde van de gemeenschap kwam er met de Franse periode: na de overwinning van de Fransen op Oostenrijk in 1795, kreeg de abdij een fenomenaal grote oorlogsbelasting van 800.000 pond opgelegd. Een jaar daarna kwam daar een bijkomende "geforceerde lening" van ruim 200.000 pond bij. De abdij kon onmogelijk aan miljoen pond betalen, zelfs niet na verkoop van een groot deel van het onroerend goed. De republikeinen bezetten de gebouwen, slaan het onroerend goed aan, verkopen de inboedel, smijten de monniken buiten, en in september 1796 wordt de gemeenschap dan ook definitief opgeheven.

De kerk wordt een tijd gebruikt als Tempel van de Rede en als theater voor republikeinse feesten, en daarna als bibliotheek voor het Departement van de Schelde (nu: Oost-Vlaanderen). Een deel van de kloostergebouwen wordt afgebroken, en een deel wordt als school ingericht.