De monniken van Boudelo verblijven tussen 1578 en 1584 in het buitenland. Nadat Farnese het Land van Waas en Gent heroverd heeft op de protestanten, besluit de gemeenschap terug te keren. Ze hadden hun oorspronkelijke gebouwen in het Land van Waas wel kunnen terugkopen, maar ze besloten toch maar opnieuw te beginnen in hun refugiehuis in Gent.

http://www.slideshare.net/mvuijlst/baudelohof

Dat gebeurde op de plaats in de Waterwijk waar de instelling al sinds de 13de eeuw een “huis” bezat in de straat die al in de 14de eeuw haar naam aan de abdij ontleende.
In 1602 werd het refugiehuis met goedkeuring van de Sint-Pietersabdij als klooster erkend. Het klooster werd gedurende de laatste twee eeuwen van haar bestaan steeds welvarender en de rijkdom werd vooral ten dienste gesteld van de culturele uitbouw en uitstraling van het convent. In de zeventiende eeuw werd een kerk gebouwd en een klooster met een pandgang en een dormitorium. In de jaren 1630 werd begonnen met de bouw van een nieuw abtshuis.

Zowel de kerk, het klooster als het abtshuis werden in de loop der jaren verder uitgebouwd als weerspiegeling van de rijkdom van het klooster. Daarnaast kocht de gemeenschat ook stapels kunstwerken aan tijden de 17de en de 18de eeuw: wandtapijten, schilderijen en beelden om de kloostergebouwen aan te kleden, een orgel en een beiaard in de kerk, brandglasramen voor kerk en klooster, ...
In de loop van de jaren kochten de monniken de aanpalende percelen in de Waterwijk en bouwden er onder meer een brouwerij en een bakkerij.