Op 29/11/1570 zorgt een bliksemschicht op de abijkerk van Boudelo ervoor dat deze in lichterlaaie staat. Merkwaardig hoe snel dit onheil werd hersteld.
Een tweede brand, door mensen aangestoken, kondigde zich aan.

Na de verwoesting van de abdij door Gentse Calvinisten op 28 augustus 1578 neemt abt Jacobus del Rio de vlucht naar Keulen en keerde slechts in 1583 naar de Nederlanden terug. Op 27/1583 was hij nog in de Rijnstad. Hij ontving dan van de abdis van Burbach relikwieën van de Elfduizend Maagden, zo blijkt uit een akte.

Typisch voor deze streek is de eindfase van de abdij van Boudelo in een waas van mysterie gehuld. Geschiedschrijvers van weleer meldden dat de paters op de vlucht sloegen toen de mannen van Hembyze en Ryhove hun strooptochten naar de abdijen buiten Gent ondernamen. Nieuw onderzoek werpt op dit gebeuren echter een ander licht. De Gentse calvinisten hebben de abdij geplunderd, maar de paters niet verjaagd. Ze gaven zelfs een dotatie aan enkelen om te blijven. Van een vlucht in paniek is geen sprake. De monniken bleven enige tijd in de abdij vooraleer ze naar Keulen vertrokken. Daarna begon de verkoop van de abdij in zes dagen.

Lachwekkende prijzen werden geboden en hier ligt een mysterie dat tot heden niet werd opgelost: Na de verkoop, kregen de monniken de abdij terug, samen met de som die door de verkoop werd bijeengebracht. Begrijpe wie begrijpen kan! De paters van Boudelo vonden bij hun terugkeer geen ruïne, wel een geplunderde maar bewoonbare abdij. Deze plundering was niet te vergelijken met de vroegere verwoestingen door de witte kaproenen en de groententers. Waarom besloten de monniken deze beroving aan te grijpen om hun abdij in Klein-Sinaai te verlaten? De oorzaak moet binnen de muren van de abdij gezocht worden. Immers, tijdens het bewind van keizer Karel doken de eerste verzuchtingen op om zich binnen Gent te vestigen. Monniken maar vooral abten, meestal afkomstig uit hogere kringen, voelden zich daar beter thuis.

Abt Delrio bevond zich bij dit gezelschap. De plundering van de abdij greep hij aan om dit verlangen te realiseren. De monniken vestigden zich in Gent en om te voldoen aan de verlangens van het bestuur van het Land van Waas, bleven ze de landbouwuitbating trouw. Dat ze ongeveer tweehonderd landbouwgezinnen niet in de steek lieten, getuigen tot heden de abdijhoeven.